De nieuwe Algemeen overste die in 1788 werd gekozen, was pater Jean Duflos. Hij was de zoon van een zeer welgestelde familie en zou, normaal gesproken niet in aanmerking gekomen zijn voor een plaats op het seminarie van de H. Geest. Hij vond een ingenieuze oplossing voor zijn probleem. Hij gaf zijn inkomen aan het seminarie en was dus niet langer in staat om voor kost en inwoning te betalen. Hij werd lid van de Congregatie in 1750.

Schuldenlast

Pater Duflos had maar net de tijd om de uitstaande schulden van de tijd van het mandaat van pater Becquet te betalen toen de Franse Assemblée Générale alle kerkelijke goederen ter beschikking stelde van de natie. Er volgde een onmiddellijke opheffing van de Congregatie en haar bezittingen werden te koop aangeboden (10 augustus 1792).

Aanval

Negen dagen later viel een volksmenigte de Eudisten aan die in de buurt van het seminarie van de H. Geest woonden. Een gedeelte van de menigte ontdekte het seminarie en klom over de muur. De studenten waren al afscheid van elkaar aan het nemen. "We zien elkaar terug in de hemel". De menigte had echter dorst gekregen en ontdekte de wijnkelder. Gelukkig voor de Congregatie bleek hun wijn sterk en koppig te zijn. Hiermee de revolutie vierend vergat de menigte geleidelijk aan waar zij voor gekomen was. De Eudisten waren minder gelukkig. Twee en dertig van hen werden gedood op de guillotine of door het vuurpeloton.

GedwongenVerkoop

In 1793 verhuurde het gouvernement het seminarie en kort daarop werd het zelfs verkocht. Een gedeelte werd gebruikt als fabriek waar behangselpapier werd gemaakt. In het andere gedeelte werden kamers verhuurd. Incognito werden de kamers gehuurd door zusters en ook door spiritijnen. In 1797 werd het te gevaarlijk en alle spiritijnen op één na verlieten de kamers om zich elders te verbergen .

In Meaux had het Gouvernement zijn eigen bisschop aangesteld. Deze beklaagde er zich over dat de paters van de H. Geest weigerden hem te erkennen. Het spiritijnse college en het seminarie werden daarop geplunderd door een volksmenigte. Vier spirijnse professoren vluchtten. Drie bleven er achter voor de pastoraal.

Ketterse Eed

De Congregatie kon trots zijn dat niet één lid   in Frankrijk de verplichte "ketterse eed" had afgelegd ondanks het feit dat toch verschillenden bedreigd  en ook gevangen genomen waren. (De situatie was verschillend in Guinea, waar meerdere leden de eed verkeerde interpreteerden. Eén legde later zelfs de schismatische eed af. Hij distancieerde zich ervan vóór hij uit het land vluchtte. Hij stierf later als een heilige.)

Verlof tot Herstel

Pas in 1805 krijgt de Congregatie verlof zich te herstellen en wel alleen om priesters op te leiden voor de Franse koloniën. Er wordt gezocht om de regels aan te passen voor de missies in verre landen. Pas in 1824 worden deze goedgekeurd door de H. Stoel. Het opende meteen ook de weg voor de fusie met de Congregatie van het H. Hart van Maria, opgericht door François Libermann.